Hardware kann man durch einmalbeschreibbare Chips sichern, über Seriennummern oder Erkennungschips, die nur bestimmte Hardware einbauen läßt, mechanische Eigenarten (die beliebten nicht Schlitz oder Kreuzschrauben

)
Software über entsprechende cryptografische Verfahren usw.
generell solltest du da auch mal die Sicherheitsmöglichkeiten von der IT Welt anschauen und dann vergleichen, was Alles in der Automatisierungswelt schon umgesetzt oder eben wegen Usability nicht umgesetzt wird.
Von Firewalls, WLAN und Co. solltest du also danach wirklich eine Ahnung zu haben. Evtl. hilft hier auch mal die Analyse wie Stuxnet und Co einen Angriff durchführen!