Hallo miteinader !
Diese Problem taucht auch öfter auf  - trotz keiner erkennbaren Änderungen am HW-Konfigurator kommt die Warnung beim Online-gehen, dass es Unterschiede gibt.
Abhilfe :
Ist man sich sicher, die aktuelle Konfiguration im PG zu haben, hilft es direkt die Systemdaten aus dem Bausteinverzeichnis in das AG zu laden. (d.h. nicht mit dem HW-Konfigurator) Nach diesem Vorgang konnte ich immer mit dem HW-Konfigurator ohne Fehlermeldung Online gehen.

Ansonsten muß man die Systemdaten Offline und Online vergleichen. Über diesen Vergleich bekommt man auch manchmal Auskunft, wo es Unterschiede gibt.
Wenn es Unterschiede gibt, bedeutet das aber auch noch nicht, dass die HW-Konfig unterschiedlich ist. Neuere S7-Versionen erzeugen binär betrachtet eine andere Config, die aber funktionell gleich ist.

Besonders häufig tritt dieses Verhalten auf, wenn mehere Verbindungen über CPs projektiert wurden. Ich vermute, dass manchmal 'tote'-SDBs im AG übrig bleiben, die Offline nicht mehr vorhanden sind. Daurch ist aber die Checksumme des Systemdatenbereiches eine andere !

Hilft hoffentlich !